手把手教你用Imaris 計算細胞面積

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老話重提,統計圖,和科研領域裡的大多數圖像數據伴生,是一種大家喜聞樂見的,直觀表現數據結果的形式。只要是個圖如果沒有伴隨統計,reviewers總會叨叨「請給出統計結果」。加上統計數據的文章看起來的確更具說服力呢!之前我們推出的第一個教程《手把手教你用軟件便捷地數細胞》,既教你認識這個軟件Imaris,又教你怎麼數密密麻麻的細胞,區分不同的marker陽性的細胞以及計數它們。

那麼問題來了,如果有人並不關心細胞數量,而關心細胞的面積,那該如何是好呢?

一般在研究細胞生長時候非常實用,如評估同等量細胞的生長速度,通過比較體外培養細胞的匯合率來得到初步結論;或研究不同類型細胞的表面積,給細胞分型。舉個例子(為了保護自己的數據隱私,我只是隨便拿個廢棄的不怎好看的圖來演示如何使用軟件)

1.打開軟件I maris,打開圖片,在工具欄點擊「 surface 」按鈕(紅色箭頭所示),即可出現如藍框所示的Surface 1。

2. 讓大家看一眼原始的圖片,並明確下此行目的:將當前界面紅色陽性的區域的表面積計算出來(你也可以計算明場細胞的面積,細胞核的面積等等)。

3.點擊左下方「 Next 」朝右的箭頭(紅色箭頭所示),此處先不要點擊橘黃色箭頭所示的方框,自動完成的surface可能不那麼準確,但是如果你只是大略看看面積,建議使用automatic creation,一步到位。

4. 之後界面變成2/4 Algorithm,此時可以調節的界面有Smooth.

5.接著點擊「Next」的藍色箭頭,系統開始創建surface,界面轉換為下面的樣子。之前紅色信號陽性的區域被灰色的實心區域覆蓋。

通過調節紅色方框highlight 的淺黃色矩形的面積可以讓surface 被創建的更密集or 稀疏(調大黃色區域,更密集;反之更稀疏)。

6. 當發現自動調節的閾值覆蓋了更多的區域——如靠上面的面積非常小的紅色信號區域也被灰色的surface 覆蓋了,但是這些顯然並不是細胞,那麼我們就往右拖動淺黃色區域,得到如下的圖。

7.點擊「 Next 」,得到如下被加工好的圖。系統將灰色變成了白色,通過視覺變化決定是否對圖進行調整,此時可以回到4個進程的任何一步再進行修繕,確定沒有修改之處後再進行下一步來最終確認所有的操作。

8.點擊「完成」按鈕(紅色箭頭所示),此時開弓沒有回頭箭了,且我們也將要得到我們想要的分析結果。

9. 完成(此時建立的surface 變成通道顏色-紅色。並且與之前的信號疊加起來。可以點擊勾掉通道螢光,只留下surface,觀察一下是否合意)。

10. 如下是僅有surface 的界面(和原始圖片比較一下,更好看了呢)。

11. 在(紅色矩形標記的)數據曲線處的detailed 欄目裡可以找到圖中所有(specific values)的surface 的面積(Area)數據。

12. 將這些數據複製或者輸出(點擊下方的保存按鈕)到excel 裡。進行統計分析。針對體外培養的細胞,有時會有一些雜質,此時可以在excel 裡將不是細胞大小的全部去掉即得到了所有surface的面積信息。

當然關於surface 的螢光強度、位置等信息也可以一併在Imaris 軟件中的Detailed 欄目的下拉框中選擇並保存獲取。

13. 如果是體外培養細胞分析匯合率,則從拍攝軟件中可以獲取整個圖片區域的面積(或者從Imaris 裡獲取,如下圖,獲得XY 軸的最大量程計算表面積),並用總的細胞面積除以區域總面積獲得匯合率。

今天的分享結束啦,敬請期待後續的系列教程哦~

封面來源:站酷海洛Plus
圖片來源:作者提供
照片由 Chokniti Khongchum  Pexels

 

生物學霸

作者

生物學霸

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