在過去，國內外許多研究報告均指出，癌症、糖尿病、肥胖、巴金森症、失智症、抑鬱症、肥胖等常見疾病，可能與腸道菌生態失衡有關聯，不過，這僅此於有關，並不代表是腸道微生物導致這些疾病的發生。在近日有研究人員發現，腸道菌會影響胰島素的反應，且經由腸道菌發酵產生的短鏈脂肪酸有提高第二類型糖尿病的風險。